МАРК РЕГНЕРУС ДОСЛІДЖЕННЯ: Наскільки відрізняються діти, які виросли в одностатевих союзах
РЕЗОЛЮЦІЯ: Громадського обговорення навчальної програми статевого виховання ЧОМУ ФОНД ОЛЕНИ ПІНЧУК І МОЗ УКРАЇНИ ПРОПАГУЮТЬ "СЕКСУАЛЬНІ УРОКИ" ЕКЗИСТЕНЦІЙНО-ПСИХОЛОГІЧНІ ОСНОВИ ПОРУШЕННЯ СТАТЕВОЇ ІДЕНТИЧНОСТІ ПІДЛІТКІВ Батьківський, громадянський рух в Україні закликає МОН зупинити тотальну сексуалізацію дітей і підлітків Відкрите звернення Міністру освіти й науки України - Гриневич Лілії Михайлівні Представництво українського жіноцтва в ООН: низький рівень культури спілкування в соціальних мережах Гендерна антидискримінаційна експертиза може зробити нас моральними рабами ЛІВИЙ МАРКСИЗМ У НОВИХ ПІДРУЧНИКАХ ДЛЯ ШКОЛЯРІВ ВІДКРИТА ЗАЯВА на підтримку позиції Ганни Турчинової та права кожної людини на свободу думки, світогляду та вираження поглядів Контакти
Тлумачний словник |
|
|||||||
Обробка (Finishing) 1Зчитування зібраної послідовності Послідовність складання Фрагменти для секвенування Як правило, використовують частини 2-10 кб для секвенування Клонування в векторі секвенування Містить сайти зв'язування праймерів для секвенування Можуть бути одноланцюгові або дволанцюгові Процес секвенування, як правило, здійснюється на фрагментах 2-10 Кб. Ці випадково порізані фрагменти повинні бути субклоновані в векторі секвенування, який містить сайти зв’язування з праймерими, що використовуються для ініціювання реакції секвенування. Векторів секвенування може бути одноланцюговий, як вектор фага М13, або дволанцюговий як плазміди. Випадкові послідовності Спочатку збираються в перекриваючі послідовності Потім створюють одну безперервну послідовність Програма, що використовується для цієї операції називається PHRAP Аналізує кожну позицію, щоб визначити наступне: Якість послідовність Узгодження послідовностей в подібному регіоні Отримані з різних випадкових фрагментів Випадкові послідовності генерується з порізаних фрагментів спочатку їх збирають у перекриваючі послідовності. В залежності від бажаного охоплення, цьому кроку може знадобитися до 10 читань кожної частини ДНК. З цих перекриваючих послідовностей, складають одну безперервну послідовність. Ця задача, як правило, здійснюється з використанням автоматизованої програми для редагування відомої як PHRAP, розробленої Phil Green. Програма аналізує кожну позицію в послідовності і визначає якість кожного читання. Вона генерує послідовність консенсусу на основі різних послідовностей, що отримані з того ж регіону та їх внутрішньої узгодженості (тобто, як часто така ж основа буде знайдена в будь-якій позиції). Зчитування програмою PHRAP, показує як перекриваючі послідовності вишикувалися в одну безперервну послідовність. Процес складання необроблених послідовностей читання в точну безперервну послідовність Потрібна точність 1/10, 000 Управління процесом Подивіться на послідовність читання в позиціях, де програма не може сказати, які основи є правильним Усунення прогалин Забезпечення адекватного охоплення Хоча автоматизовані програми для редагування, такі як PHRAP значно підвищити ефективність секвенування, все одно залишається потреба в людських судженнях і втручаннях. Це відбувається під час останнього кроку обробки (finishing), який визначається як процес складання необробленої послідовності читання в точну безперервну послідовність генома. Для геномних послідовностей з точністю до однієї помилки на 10000 основи, крок ручної обробки має важливе значення. Дослідник дивиться на позиції, де автоматизована програма для редагування не може сказати, які основи є правильними. Досліджуючи різні необроблені послідовності читання, дослідник потім робить судження щодо правильної підстави або посилає ці області на додаткове секвенування. Аналогічним чином, коли є прогалини в послідовності або недостатнє охоплення, дослідник буде сигналізувати регіон і відправить його назад у процес секвенування для додаткової обробки. Читайте також:
|
||||||||
|