МАРК РЕГНЕРУС ДОСЛІДЖЕННЯ: Наскільки відрізняються діти, які виросли в одностатевих союзах
РЕЗОЛЮЦІЯ: Громадського обговорення навчальної програми статевого виховання ЧОМУ ФОНД ОЛЕНИ ПІНЧУК І МОЗ УКРАЇНИ ПРОПАГУЮТЬ "СЕКСУАЛЬНІ УРОКИ" ЕКЗИСТЕНЦІЙНО-ПСИХОЛОГІЧНІ ОСНОВИ ПОРУШЕННЯ СТАТЕВОЇ ІДЕНТИЧНОСТІ ПІДЛІТКІВ Батьківський, громадянський рух в Україні закликає МОН зупинити тотальну сексуалізацію дітей і підлітків Відкрите звернення Міністру освіти й науки України - Гриневич Лілії Михайлівні Представництво українського жіноцтва в ООН: низький рівень культури спілкування в соціальних мережах Гендерна антидискримінаційна експертиза може зробити нас моральними рабами ЛІВИЙ МАРКСИЗМ У НОВИХ ПІДРУЧНИКАХ ДЛЯ ШКОЛЯРІВ ВІДКРИТА ЗАЯВА на підтримку позиції Ганни Турчинової та права кожної людини на свободу думки, світогляду та вираження поглядів Контакти
Тлумачний словник |
|
|||||||
Побудова контінгів шляхом зонтування з кінців фрагментівFPC: аналіз фінгерпрінгів Гель для обробки зображень Аналіз рестрикційних фрагментів Рестрикційне картування велико-вставочних клонів Генерує велику кількість фрагментів Вимагає високої роздільної здатністі відокремлення фрагментів -- Можна зробити за допомогою геля-електрофорезу
Коли ферменти рестрикції використовуються для побудови контігівз велико-вставочних клонів (наприклад, BACs, PACs, чи YACs), велика кількість фрагментів зазвичай генеруються, в зв'язку з розміром вставки. Потенційна проблема в тому, що два фрагменти які трохи відрізняються розміром будуть сприйматися як однакового розміру. Щоб вирішити цю проблему, використовують гель-електрофорезу з високою роздільною здатністю (часто використовують гелі схожі на ті, які використовуються для секвенування) можуть бути використані для розділення фрагментів, так що невеликі відмінності в розмірах можуть бути виявлені. Комп'ютерні програми, автоматичну визначають відмінності в розмірах фрагментів Можливі помилки: - Фрагменти такого ж розміру можуть бути в різних послідовностях - Рестрикцій ні елементи дають такі ж самі розміри, але в різних локусах Для автоматизації порівняння фрагментів рестрикції, були написані комп'ютерні програми що які використовують для безлічі фрагментів однакової довжини, а потім розраховують перекриття двох вставок. Навіть з гелем-електрофорезом з високою пропускною здантістю, інколи виникають помилки в цьому виді фізичного картування. Одна така помилка може надходити з двох фрагментів рестрикції, які мають однакову довжину, насправді знаходяться в різних послідовностях. Іншою проблемою є повторюючи елементи, які можна знайти в більшості геномів. Тому що послідовність цих елементів високо консервативна, вони, як правило, мають ті ж сайти рестрикції в них і таким чином утворюють той же розмір фрагмента при розрізанні ферментами рестрикції. Це може привести до помилкового висновку, що є дві вставки з перекриваючих частин хромосоми, коли насправді вони просто містять ті ж повторюючі елементи. На цьому слайді показаний приклад зчитування інформації програмою, яка визначає перекриття рестрикційних фрагментів.
На цьому слайді показаний приклад програми зчитування, яка виробляє контінги на основі відбитків пальців ( фінгерпрінгів) . Фактично рестрикційні фрагменти показані для трьох підкреслених клонів в правій панелі.
Ізолювання ДНК з обох кінців вставки Ярлик і зонт геномної бібліотеки Ідентифікація гібридних клонів Повтори з кінців перекриваючих клонів Інший підхід до побудови контігів, щоб ізолювати ДНК з обох кінців вставки. Кожен з кінців потім помічений і використовуються для дослідження геномної бібліотеки у векторі (BAC, PAC, і т.д.). Вставки, які гібридизують кінці зонда - ізольовані. Кінці нових ізольованих клонів потім використовують в якості зондів, і процес повторюється. Зображення на цьому слайді показані результати гібридизації з сумішшю кінців зондів в бібліотеці BACs в мікрочіпах.
Хромосомне переміщення ( ходьба) Об'єднує зондування вставки кінців з рестрикційним картуванням Спочатку знаходження гібридизованих колоній - Потім створюють рестрикційні карти Визначити клон з найкоротшим перекриттям Зондувати його кінець Повторити процес
При зондуванні кінців фрагментів вони поєднуються з перекриваючими рестрикційними фрагментами, в результаті процедуру часто називають "хромосомна ходьба.« Цей процес зазвичай починається з генетичного картування, яке ідентифікує фізичний маркер, як він пов'язаний з локусом інтереса (наприклад, локус для хвороби риса). Клон, що містить фізичний маркер потім виділяють, а його кінці використовуються для дослідження геномних бібліотек. Гібридизовані клони очищають і потім розрізають рестриктазами. Порівняння розмірів фрагментів рестрикції використовується для ідентифікації вставки з найменшим перекриттям (перекриття, яка знаходиться далі всього від вставка з фізичним маркером). Зонд з кінця цього клону, який поширює його в потрібному напрямку. Цей зонд гибрідизують геномною бібліотекою, і процес повторюється. Читайте також:
|
||||||||
|