Автоматизований секвенатор ABI 3700

Автоматизовані секвенатори

Нові технології

Розширення масштабів існуючих технологій

Значне поліпшення ефективності секвенування, починаючи з винаходу секвенування

Сума секвенувань, що може одна людина виконувати різко зросла

- 1980: 0.1-1 кб в рік

1985: 2-10 кб в рік

1990: 25-50 кб на рік

1996: 100-200 кб в рік

2000 рік: 500-1000 кб в рік

Майже все великомасштабні секвенування як і раніше базуються на методі Сенгера зупинки ланцюга.

Найбільший успіх прийшов у розширенні існуючих технологій. З 1980 по 2000 рік, ефективність секвенування збільшилася в тисячу разів і продовжує поліпшуватися. Останні оцінки є те, що одним з основних центрів секвенування був секвенований 100-MB геном ( розмір генома дрозофіли) на 5-кратному освітлення за два-три тижні. Зрозуміло, що не було суттєвих змін в базовій технології. Майже всі велико-масштабні секвенування як і раніше базуються на методі Сенгера зупинки ланцюга. Ця технологія детально описана в розділі, присвяченому основам картування та секвенування.

Завданням проекту Геном Людини, була розробка нових технологій картування і секвенування

На сьогоднішній день, не було зроблено нових технологічних проривів

- виключення: цілісно-геномний дробовик для секвенування великих геномів

Хоча першочерговою метою проекту Генома Людини була розробка нових технологій картування і секвенування , на сьогоднішній день не було зроблено великих проривів в цій області. Деякі перспективні нових методів описані в главі, присвяченій основам картування та секвенування. Одним з можливих прорив є застосування цілісно-геномного дробовика для секвенування великих геномів (описано далі в цій главі), але цей метод був розроблений приватною компанією і, отже, не є частиною офіційної проекту Генома Людини.

Можливо, найбільш важливим внеском у великомасштабне секвенування була розробка автоматизованих секвенаторів

- більшість використовує метод Сенгера

- флуоресцентні мічені продукти реакції

- капілярний електрофорез для розділення

Секвенатори, що найчастіше використовуються:

- ABI

- MegaBACE

Мабуть, першорядне значення в забезпеченні великомасштабного секвенування має розробка автоматизованих секвенаторів. Усі наявні машини використовують метод зупинки ланцюга Сенгера і флуоресцентно мічені продукти реакції. Нові, високопродуктивні моделі використовують капілярний електрофорез для розділення продуктів реакції. Два найбільш часто використовуваних секвенатора ABI 3700 і MegaBACE.

Виготовлений Applied Biosystems

Автоматизовані секвенсори мають: 96 капілярів

Робот який завантажує з 384-лункових пластин

За 2-3 години обробляється 600-700 основ

ABI 3700, зроблений Applied Biosystems, ймовірно, є найбільш широко використовуваним інструментом для великомасштабного секвенування. Він має 96 капіляри, на які робот вносить з двох 384-ямковий пластин для мікротитрування. Це обробляє послідовність кожні дві-три години і може читати в середньому 600-700 основи. Celera, компанія, яка випустила план Геному Людини на три роки, використовує 200 таких машин і працює 24/7, щоб зробити це.

<== попередня сторінка	\|	наступна сторінка ==>
Частково впорядковані множини	\|	Створення бібліотек

Не знайшли потрібну інформацію? Скористайтесь пошуком google:

Генерація сторінки за: 0.005 сек.