Відповідно до статті 26 Бюджетного кодексу, на всіх стадіях бюджетного процесу здійснюється внутрішній фінансовий контроль, який повинен забезпечувати:
· постійну оцінку достатності та відповідності діяльності бюджетної установи вимогам внутрішнього фінансового контролю;
· оцінку діяльності на відповідність результатів встановленим завданням та планам;
· інформування безпосередньо керівника бюджетної установи про результати кожної перевірки (оцінки, розслідування, вивчення чи ревізії), проведеної підрозділом внутрішнього фінансового контролю.
Розпорядники бюджетних коштів несуть відповідальність за організацію і стан внутрішнього контролю та аудиту як у своїх закладах, так і в підвідомчих установах. Організація ефективної системи внутрішнього контролю за фінансово-господарською діяльністю установи покладається на її керівника.
Зовнішній контроль та аудит фінансової та господарської діяльності бюджетних установ здійснюються Рахунковою палатою - в частині контролю за використанням коштів Державного бюджету України, Держфінінспекцією України - відповідно до повноважень, визначених законом .