Очолює ЦПМСД головний лікар, який призначається на посаду за рішенням Засновника шляхом укладання контракту.
Повноваження головного лікаря:
1. Здійснює загальне керівництво ЦПМСД.
2. Спрямовує і координує заходи, що належать до компетенції ЦПМСД.
3. Призначає своїх заступників та керівників структурних підрозділів ЦПМСД.
4. Здійснює прийом працівників на роботу та звільнення з роботи у ЦПМСД за погодженням з керівниками структурних
підрозділів.
5. Затверджує плани роботи ЦПМСД та його структурних підрозділів.
6. Затверджує режим роботи ЦПМСД та його структурних підрозділів за поданням їх керівників.
7. Організує контроль за виконанням планів та дотриманням графіків роботи підрозділів ЦПМСД;
8. Видає накази по ЦПМСД.
9. Затверджує посадові інструкції працівників ЦПМСД.
10. Забезпечує впровадження і вдосконалення системи управління якістю у ЦПМСД.
11. Забезпечує впровадження і вдосконалення системи мотивації праці у ЦПМСД.
12. Заохочує працівників та накладає стягнення у встановленому законодавством порядку.
13. Укладає договори від імені ЦПМСД.
14. Представляє інтереси ЦПМСД в органах судової влади.
15. Від імені власника підписує колективний договір з одним або кількома профспілковими чи іншими уповноваженими на представництво трудовим колективом ЦПМСД органами, а у разі відсутності таких органів - представниками працівників, обраними і уповноваженими трудовим колективом ЦПМСД.