Гібридний підхід

Суперечка: Секвенування на основі картування проти секвенування цілого геному методом дробовика

Celera використовувала публічні вже відомі послідовності, щоб виробляти свої для проекту Генома Людини

Вчені, які працювали на секвенуванні на основі картування стверджують, що Celera не могла підготувала проект без доступу до вже відомих послідовностей послідовності

Вчені Celera стверджують, що вони могли б зробити точний проект навіть без вже відомих послідовностей

Відношення секвенування на основі картування і секвенування цілого генома методом дробовика як і раніше є досить спірним. У своїй опублікованій чернетці Геному Людини, Celera мали доступ і використовували вже відомі послідовності Проекту Генома Людини. Деякі з учених, які працювали з секвенуванням на основі картування стверджують, що Celera ніколи не могла би зібрати послідовності без доступу до цієї інформації. Вчені Celera заперечували, що вони могли б дійсно зробити зібрати без вже відомих послідовностей і, по суті, збірка була б більш точною і лише трохи менше обширною.

Поєднує в собі аспекти як секвенування на основі картування і секвенування цілого генома методом дробовика

Карта клонів

Послідовність деяким з зіставлених клонів

У цілому геномі

Об'єднання інформації з обох методів

Використання послідовності з картованих клонів, як ешафот, щоб зібрати читання методу дробовика всього генома

Використовується для секвенування геному миші

Один із способів вирішення спорів в тому, щоб поєднати ці два підходи. Цей гібридний підхід починається з фізичного картування , а також секвенування деяких з клонів в найкоротший шлях доріжки. У той же час, виконується секвенування цілого геному. Потім інформація поєднується з використанням послідовності з картованих клонів, як ешафот, щоб допомогти зібрати читання методу дробовика всього геному. Цей підхід був використаний для секвенування генома миші.

Можна знову використати книгу як аналогію, в гібридному підході, порядок визначається обсягами і невеликою кількістю інформації від кожного придбаного обсягу. У той же час, випадкові фрагменти від усіх обсягів читати. Ці випадкові фрагменти потім вирівнюється за допомогою інформації, отриманої при замовленні обсягу і невелика кількість інформації відомої про кожний том. По суті, випадкові фрагменти використовуються для заповнення прогалин, які залишаються, коли інформація з окремих томів збирається. На графіку в правому нижньому кутку цього слайда зображено відкрите питання про те, що поєднання секвенування цілого генома методом дробовика і секвенування на основі картування є оптимальним.

Читайте також:

<== попередня сторінка	\|	наступна сторінка ==>
Метод дробовика секвенування цілого геному 3	\|	Секвенування параметрів

Не знайшли потрібну інформацію? Скористайтесь пошуком google:

Генерація сторінки за: 0.004 сек.