Магнітні флюси виготовляються та використовуються аналогічно до керамічних. Крім речовин, які є у складі керамічних флюсів вони містять залізний порошок, який надає частинкам флюсу магнітних властивостей.
При здійсненні зварювання чи наплавлення магнітний флюс подається у робочу зону через сопло. Під дією магнітного поля зварювального струму флюс притягується до зони зварювання. При цьому досягається мінімальна витрата флюсу і забезпечується можливість якісного виконання вертикальних швів.