Файлові віруси для свого розповсюдження використовують файлову систему. Найпоширеніший тип файлових вірусів використовує в якості носія виконувані файли. За способом зараження з них виділяють так званівіруси, що перезаписують (overwriting) і паразитичні віруси (parasitic). Перші з них заміняють собою оригінальний файл, знищуючи його, так що в результаті їх діяльності і прикладні програми, і ОС дуже швидко перестають функціонувати. Другі – значно більш витончені, вони модифікують оригінальний файл, зберігаючи його функціональність. Цей тип файлових вірусів є найпоширенішим, і його ми в подальшому розглянемо детальніше. Існують також так звані компаньйон-віруси, які створюють файли-двійники, так звані link-віруси, які використовують особливості організації файлової системи.