Навчався у Падуанському університеті, де в першій пол. 1580-х років був «ректором наук еллінських». У час загострення боротьби з Ватиканом та унією Никифор Кантакузин приїжджає в Україну як представник Константинопольського патріарха Єремії ІІ. Підступами польських магнатів та турецького уряду він був ув'язнений у Хотинському замку, але у вересні 1595 р., підкупивши сторожу замку, його викрали слуги В.-К. Острозького. У академії Кантакузин викладав грецьку мову. 6–9 жовтня 1596 р. як протосинкел Константинопольського патріарха очолював роботу православного Берестейського синоду, який заперечив підпорядкування української православної церкви римському папі. Польське панство не могло пробачити Никифору Кантакузтну зриву унійних планів. Його було звинувачено у шпигунстві на користь Туреччини і засуджено на сеймі 1605 р. до по життєвого ув’язнення в мальборзькій тюрмі, де він помер з голоду, як мученик за православну віру.