Мікрофлора організму людини є результатом взаємного пристосування мікроорганізмів і макроорганізму в процесі еволюції. Більша частина бактерій постійної мікрофлори організму людини пристосувалась до життя у певних його відділах. Крім того, є мікроорганізми, що становлять непостійну (випадкову) мікрофлору.
Постійна (резидентна) –мікрофлора специфічна для даного біотопу(автохтонна).
Тимчасова –мікрофлора занесена з інших біотопів хазяїна (алохтонна),
мікрофлора занесена з інших біотопів довкілля (заносна).
Важливою особливістю нормальної мікрофлори є її індивідуальність й анатомічна стабільність.
Із розвитком вірусології і вдосконаленням вірусологічної техніки розширились уявлення про мікрофлору організму людини. Доведено, що не тільки відкриті порожнини, а й тканини людського організму заселені персистуючими вірусами, які виділяються у навколишнє середовище з молоком, слиною, мокротинням, потом, сечею, калом.