Кожна екосистема має певну функціональну структуру. В кожну екосистему входять групи організмів різних видів, які відрізняються за способом харчування: автотрофи (створюють органічні речовини з неорганічних) і гетеротрофи (використовують готові органічні речовини).
Ю. Одум в структурі екосистеми виділяє такі компоненти:
- неорганічна речовина (C, N, CO, H2 та ін.);
- органічні сполуки (білки, вуглеводи, ліпіди, гумінові речовини тощо), які зв’язують біотичну і абіотичну частини екосистеми;
- кліматичний режим (температура та інші фізичні фактори);
- продуценти – автотрофні організми, головним чином зелені рослини, здатні створювати корм з простих неорганічних сполук;
- макроконсументи або фаготрофи – гетеротрофні організми, головним чином тварини, які поїдають інші організми або частинки органічної речовини;
- мікроконсументи, сапрофіти або осмотрофи – гетеротрофні організми, переважно бактерії і гриби, які розкладають складові сполуки мертвої речовини, поглинають деякі продукти розкладу і вивільняють неорганічні поживні речовини, придатні для використання продуцентами.
Перші три групи – неживі абіотичні компоненти, решта ж становить біомасу (живу масу).