Екологія сьогодні виявляється тією точкою, в якій перехрещуються інтереси вчених різних природничих наук: систематиків, морфологів, генетиків, біохіміків, фізіологів, фізиків, хіміків, математиків, географів. Внаслідок цього екологія вбирає в себе концепції та методики, притаманні різним дисциплінам.
Методичну основу екології як сучасної науки складає поєднання системного підходу, натурних спостережень, експерименту і моделювання. Екологічна практика охоплює множину прийомів і методів дослідження, адекватних багатоманітності напрямків екології. Основні:
- Систематичні моніторингові спостереження за станом природних об’єктів і змін, які відбуваються в них під впливом техногенних факторів;
- Дослідження морфологічних параметрів природних об’єктів;
- Статистичні методи оцінки процесів і явищ;
- Дистанційні методи досліджень;
- Методи математичного моделювання;
- Методи екологічної індикації;
- Калориметричні та хроматографічні методи дослідження;
- Ізотопні методи;
- Спектрометричні методи;
- Системний аналіз.