Залежно від природи транспортованих груп трансферази поділяються на підкласи.
2.1. Трансферази, які переносять одновуглецеві залишки. Серед ферментів даного підкласу важливе значення мають метилтрансферази, які каталізують реакції переметилювання.
2.2. Трансферази, які переносять альдегідні і кетонні залишки. До даної групи ферментів належать транскетолази (седогептулозо-7-фосфат).
2.3. Трансферази, які переносять ацильні залишки. Майже всі ферменти цього підкласу каталізують перенесення ацильних груп за участю коензиму А (КоАSН).
2.4. Трансферази, які переносять глікозидні залишки. Ферменти цього підкласу каталізують реакції перенесення залишків вуглеводів на різні акцептори.
2.5. Трансферази, які переносять азотисті групи. Серед них важливе значення мають амінотрансферази, що каталізують реакції перенесення аміногруп від амінокислот до кетокислот.
2.6. Трансферази, які переносять фосфатні групи. До фосфотрансфераз належить гексокіназа (АТФ: D-гексоза 6-фосфотрансфераза), яка переносить залишки фосфорної кислоти від АТФ до гексози.