Якщо має місце гетероскедастичність, то метод найменших квадратів використати не можна, в такому випадку використовують узагальнений метод найменших квадратів – метод Ейткена.
Алгоритм розрахунку за методом Ейткена:
1) Визначаємо матрицю S :
де
2) Обчислюємо обернену матрицю .
3) Перемножуємо матрицю Х` на , де Х` - матриця, транспонована до матриці незалежних змінних X.
4) Знаходимо добуток .
5) Обчислюємо обернену матрицю та матрицю .
6) Знаходимо матрицю , елементи якої і будуть коефіцієнтами лінійного рівняння.