Як уже згадувалося, до складу рибосом входять рРНК чотирьох видів.
Дані РНК розрізняються по константі седиментації; відповідно до цього їх і позначають:
а) Гени усіх рРНК локалізуються в ядерцевих організаторах, тобто тих ділянках хромосом, які асоційовані з ядерцями.
При цьому ген найменшої рРНК (5S-рРНК) розташовується окремо від генів інших рРНК. А гени інших трьох рРНК об'єднані в кластер (див.мал.).
б) Подібно гістоновим генам, гени рРНК представлені великим числом копій. У людини кількість копій (у розрахунку на гаплоїдний геном) приблизно дорівнює 100, у жаби в соматичних клітинах - близько 900.
У дозріваючих ооцитах жаби відбувається вибіркове і різке збільшення числа генів рРНК (т. з. ампліфікація) - до 2 млн. копій на ядро.
в) Інша схожість з гістоновими генами полягає у відсутності інтронів, а також у вищому (чим в середньому по ДНК) відносному вмісті пар ГЦ.
г) Довжина кластера трьох генів рРНК - приблизно 8000 н. п. У кластері гени розділені двома спейсерами, але особливо великим є спейсер між сусідніми кластерами - близько 5000 н. п.
д) Кожен кластер знову (подібно до кластера гістонових генів) транскрибується як єдине ціле: утворюється одна молекула про-рРНК, що містить (окрім спейсеров) послідовність усіх трьох рРНК.
Таким чином, організація генів рРНК і гістонів є дуже схожою.