Контінги перективаються рестриеційними фрагментами

За і проти велико-вставочних векторів

Лямбда фаги і косміди

-Стабільні вставки

-Але розмір вставок надто малий для проектів великомасштабних секвенувань

YACs

-Найбільші розміри вставок

-Але важко з ними працювати

Вставка розмірів фага лямбда і косміди векторів (показано на схемі на слайді) занадто малі для масштабних проектів секвенування, навіть якщо їх вставки, як правило, дуже стабільні при розмноженні бактерій. Хоча можна було б собі уявити, що YACs, мають вставки великих розмірів , цей вектор можна обрати для секвенування геному, але з ними досить важко працювати.Проблеми полягають у виділенні штучних хромосом від нормальних хромосом дріжджів і проблеми зі стабільністю великих вставок.

Слайд 20

BACs ii PACs

Вектори, що найчастіше використовуються для великомасштабних секвенувань

Гарний компроміс між розміром вставки і легкістю використання

Ріст і ізоляція аналогічні до плазмід

Таким чином, хоч BACs і PACs не утримують великих вставок, але вони найбільш часто використовувальні вектори для великомасштабного секвенування. Вони являють собою гарний компроміс між розміром вставки і простоти використання. Зокрема, зростання та ізоляції цих векторів для клонування аналогічна для бактеріальних плазмід. Діаграма на цьому слайді - типовий вектор клонування BAC, показані різні сайти рестрикції для клонування і початку реплікації

Слайд 21

Контіг (от англ. contiguous) — набор перекрывающихся фрагментов ДНК, которые в совокупности представляют собой консенсусную область ДНК)

- це групи частин хромосомної ДНК, що перекриваються

-Утворюють суміжні клони

Для секвенування хочуть створити "мінімальний шлях доріжки" “minimum tiling path”

Контінг є найменшими вставками, які охоплюють області хромосоми

Перекриваються фрагменти ДНК, які охоплюють області хромосоми відомі як "контінги", термін, походить від "суміжних" “contiguous,”, продукуючи безперервну послідовність фрагментів ДНК. Для ефективної послідовності, метою є почати з найменшою кількістю фрагментів ДНК, які утворюють контіг, що охоплюють області хромосоми, потрібної послідовності. Цей набір фрагментів відомих як "мінімальний шлях доріжки".

- Вирізають вставки рестриктазами

- Шукають подібні рестрикційні фрагменти – відомі як фінгерпрінги

- Рівняються перекриттям фрагментів

- Подовжуються коли контінг збудований

Є кілька способів отримання контігів. Один з них, щоб скоротити всі доступні вставками (від косміди, BACs, PACs, абр YACs) з різними ферментами і порівняти структуру групп що генеруються. Коли кілька смуг по всій довжині, такого ж розміру в двох різних вставках, це означає, що два фрагменти перекриваються. Цей процес відомий як «відбитки пальців» фінгерпрінги. Послідовність цього процеса може бути повторена до контіга потрібна довжина, що генерується.???

Читайте також:

Робота із фрагментами тексту

<== попередня сторінка	\|	наступна сторінка ==>
Засади карної відповідальності	\|

Не знайшли потрібну інформацію? Скористайтесь пошуком google:

Генерація сторінки за: 0.012 сек.