Усі роботи в куточку живої природи проводяться з урахуванням ГОСТ 12.1.008-76 «Біологічна безпека».
Під час підживлення, пікірування, пересаджування рослин, а також доглядання тварин учні надягають халати або фартухи, що постійно зберігаються в приміщенні куточка живої природи, і захищають руки рукавицями. Під час приготування підживлень для рослин учням забороняється торкатися добрив руками, треба набирати добрива спеціальними неметалевими ложечками.
Для боротьби з комахами - шкідниками рослин категорично забороняється користуватися інсектицидами.
За тваринами в куточку живої природи встановлюють постійний ветеринарний нагляд, щоб запобігти виникненню інфекцій, які можуть передатися людям. Учням, які доглядають тварин у куточку живої природи, у крільчатнику тощо, учитель повинен показати і пояснити, як брати кожну з них у руки,.щоб уникнути укусів. Особливу увагу треба звернути на інструктаж з догляду за самицями, що недавно народили малят, бо вони, оберігаючи дитинчат, стають у цей час дуже агресивними. У разі захворювання якоїсь тварини потрібно негайно викликати ветеринара. Якщо хвороба заразна для людей, хвору тварину треба негайно відокремити, а решту тварин тримають на карантині за вказівкою ветеринарного лікаря.
Під час замінювання води в акваріумі за допомогою сифона учням забороняється відсмоктувати повітря з трубки ротом. Це може призвести до того, що вода з мікроорганізмами (серед яких можуть бути хвороботворні) потрапить у порожнину рота учня. Відсмоктувати повітря треба гумовою грушею, що зв'язана з трубкою сифона.
Інструкцію з техніки безпеки для учнів під час роботи в куточку живої природи вивішують у його приміщенні і в кабінеті (лабораторії) біології.