Кожна система управління версіями має свої специфічні особливості в наборі команд, порядок роботи користувачів і адмініструванні.
Проте, загальний порядок роботи для більшості VCS абсолютно однаковий. Тут передбачається, що проект, яким би він не був, вже існує і на сервері розміщений його репозиторій, до якого розробник отримує доступ.
Початок роботи з проектом
Першою дією, яку повинен виконати розробник, є витяг робочої копії проекту або тієї його частини, з якою доведеться працювати. Ця дія виконується за допомогою стандартної команди вилучення версії (checkout або clone) або спеціальної команди, фактично виконує те ж саме діяння. Розробник задає версію, яка повинна бути скопійована, за замовчуванням звичайно копіюється остання (або обрана адміністратором в якості основної) версія.
За командою вилучення встановлюється з'єднання з сервером, і проект (або його частина - один з каталогів з підкаталогами) у вигляді дерева каталогів і файлів копіюється на комп'ютер розробника.
Звичайною практикою є дублювання робочої копії: крім основного каталогу з проектом на локальний диск (або в окремий, спеціально вибраний каталог, або в системні підкаталоги основного дерева проекту) додатково записується ще одна його копія.
Працюючи з проектом, розробник змінює тільки файли основною робочою копії. Друга локальна копія зберігається як еталон, дозволяючи в будь-який момент без звернення до сервера визначити, які зміни внесені в конкретний файл або проект в цілому і від якої версії була «відокремлена» робоча копія; як правило, будь-яка спроба ручного зміни цієї копії призводить до помилок в роботі програмного забезпечення VCS.
Щоденний цикл роботи
При деяких варіаціях, що визначаються особливостями системи та деталями прийнятого бізнес-процесу, звичайний цикл роботи розробника протягом робочого дня виглядає наступним чином.