Сироп, отриманий при гідролізі кукурудзяного крохмалю, містить клейку слизувату масу, що складається з пластин білка, просочених жиром. Якщо цей жирний осад не виділити із сиропу, то при наступній фільтрації слизуваті речовини заб'ють пори фільтруючої тканини.
Осад виділяють у камерах - апаратах-відстійниках, ефективніше це робити на сепараторах, про що було сказано вище.
Далі сироп направляють на фільтрацію для відокремлення домішок, що перейшли із крохмалю (білок, клітковина й інші), і домішок, що утворились при нейтралізації. Для цієї мети застосовують різну апаратуру - фільтрпреси, вакуум-фільтри й інші. Фільтрують з додаванням діатоміту - панцирів морських водоростей.
Паточні сиропи після фільтрації являють собою прозорі рідини, жовтого кольору. До барвників паточного сиропу відносяться продукти гідролізу білків, розкладення вуглеводів, продукти реакції меланої-диноутворення. Поряд з барвниками в сиропі містяться кислі фосфати, що обумовлюють кислотність патоки, і деякі мінеральні речовини.
Метою очищення паточного сиропу адсорбентами є повне його знебарвлення, усунення запаху, зниження кислотності. Як адсорбенти на патокових заводах застосовують активоване вугілля. Воно добре адсорбує барвні речовини, органічні домішки і майже не видаляє мінеральні. Адсорбент видаляють фільтруванням сиропу. Підготовлений таким чином сироп йде на випарювання у випарні апарати.