Загальне керівництво реєстрацією музеїв здійснюють Міністерство освіти України й Український державний центр туризму і краєзнавства учнівської молоді.
Керівництво і контроль за проведенням реєстрації в Автономній Республіці Крим, в областях та містах Києві і Севастополі здійснюють Міністерство освіти Автономної Республіки Крим, управління освіти обласних, Київської та Севастопольської міських держадміністрацій, при яких створюються Кримська республіканська, обласні, Київська та Севастопольська міські комісії.
Організаційно-методичними центрами з проведення реєстрації та обліку музеїв на місцях є Центри (станції) туризму і краєзнавства учнівської молоді.
Безпосередньо роботу з реєстрації музеїв на місцях проводять комісії. Які створюються при відділах освіти районних (міських) держадміністрацій, до складу яких залучаються працівники освіти, культури, фахівці державних та громадських організацій.