У ході збору сімейного анамнезу уточнюють наявність відомих хвороб і причини смерті родичів. Смерть дітей раннього віку в родині пробанда повинна насторожувати на предмет ПІД. Особливо, якщо смерть наступила внаслідок інфекційних захворювань, лімфоретикулярних злоякісних новоутворів (лімфобластні лейкози, лімфогранулематоз, лімфоми), аутоімунних захворювань. Необхідно звертати увагу на родинні шлюби. Уточнюється акушерський анамнез матері, звертають увагу на попередні викидні, аналізують перебіг вагітності, захворювання матері під час вагітності.
Важливим є уточнення вакцинального анамнезу. Необхідно з’ясувати в якому віці вводились вакцини і які були реакції на їх введення. Особлива увага звертається на реакції після введення живих вакцин (генералізована інфекція після БЦЖ вакцинації чи парез/параліч після введення оральної полівакцини, вакцинасоційований кір).
На відміну від дітей з нормальним імунітетом, інфекції у пацієнтів з ПІД є важкими і загрозливими для життя (важка пневмонія, сепсис, менінгіт). Хоча поодинокі епізоди подібних захворювань можуть спостерігатись і в імунокомпетентних дітей, повторний епізод вказує на можливий ПІД. Характерним є також поновлення патологічного процесу після відміни антибіотиків чи, навіть, прогресування хвороби на фоні їх адекватного застосування. Це спричиняє формування антибіотикорезистентності (в результаті тривалих курсів антибактеріальної терапії). Тому генералізована інфекція, викликана полірезистентними збудниками, найчастіше є причиною смерті пацієнтів з ПІД.