Всі AVR мають Flash-пам'ять програм, яка може бути завантажена як за допомогою звичайного програматора, так і за допомогою послідовного SPI-інтерфейсу, зокрема безпосередньо на цільовій платі. Число циклів перезапису - не менш 1000. Останні версії кристалів сімейства "mega" мають можливість самопрограмування. Це означає, що мікроконтролер здатний самостійно, без якого-небудь зовнішнього програматора, змінювати зміст елементів пам'яті програм.
Рис.4 - Карта пам'яті для мікроконтролера AT90S8535.