Всі AVR мають також блок незалежної електрично стираємої пам'яті даних EEPROM. Цей тип пам'яті, доступний програмі мікроконтролера безпосередньо в ході її виконання, зручний для зберігання проміжних даних, різних констант, таблиць перекодувань, калібрувальних коефіцієнтів і т.п. EEPROM також може бути завантажена ззовні як через SPI інтерфейс, так і за допомогою звичайного програматора. Число циклів перезапису - не менш 100000. Два програмованих біта секретності дозволяють захистити пам'ять програм і незалежну пам'ять даних EEPROM від несанкціонованого прочитування.