Система команд AVR вельми розвинена і налічує до 133 різних інструкцій. Майже всі команди мають фіксовану довжину в одне слово (16 біт), що дозволяє в більшості випадків об'єднувати в одній команді і код операції, і операнд(и). Лише небагато команд мають розмір в 2 слова (32 біти) і відносяться до групи команд виклику процедури CALL, довгих переходів в межах всього адресного простору JMP, повернення з підпрограм RET і команд роботи з пам'яттю програм LPM. Розрізняють п'ять груп команд AVR: умовного галуження, безумовного галуження, арифметичні і логічні операції, команди пересилки даних, команди роботи з бітами. У останніх версіях кристалів AVR сімейства "mega" реалізована функція апаратного множення.
Види пам'яті AVR
Майже всі AVR мають наступні три типу пам'яті: FLASH-пам'ять про грам, EEPROM пам'ять даних і SRAM пам'ять даних. Карта пам'яті для мікроконтролера AT90S8535 приведена на рис.4. FLASH-пам'ять програм має послівну організацію, тобто, за однією адресою розташовуються два байти. EEPROM і FLASH мають побайтну організацію.