Порядок використання системи управління версіями в кожному конкретному випадку визначається технічними регламентами і правилами, прийнятими в конкретній фірмі або організації, що розробляє проект. Проте, загальні принципи правильного використання VCS нечисленні і єдині для будь-яких розробок і систем управління версіями.
Будь-які робочі, тестові або демонстраційні версії проекту збираються тільки з репозиторію системи. «Персональні» збірки, що включають ще незафіксовані зміни, можуть робити тільки розробники для цілей проміжного тестування. Таким чином, гарантується, що репозиторій містить все необхідне для створення робочої версії проекту.
Поточна версія головної гілки завжди коректна. Не допускається фіксація в головній гілці неповних або не пройшли хоча б попереднє тестування змін. В будь-який момент складання проекту, проведена з поточної версії, повинна бути успішною.
Будь-яке значиме зміна повинна оформлятися як окрема гілка. Проміжні результати роботи розробника фіксуються в цю гілку. Після завершення роботи над зміною гілка об'єднується зі стволом. Винятки допускаються тільки для дрібних змін, робота над якими ведеться одним розробником протягом не більше ніж одного робочого дня.
Версії проекту позначаються тегами. Виділена і позначена тегом версія більш ніколи не змінюється.