Дослідження біофізичних процесів, що відбуваються в реальних системах, методами рівноважної термодинаміки часто є неадекватним наближенням. У загальному випадку фізичні і біофізичні об'єкти не знаходяться в положенні рівноваги. В них з кінцевою швидкістю протікають незворотні процеси, які прагнуть повернути систему в стан рівноваги. Добре відомими прикладами можуть бути процеси теплопровідності з характерним часом встановлення рівноваги або, як його ще називають, часом релаксації - лінійний розмір системи, - коефіцієнт температуропровідності, - коефіцієнт теплопровідності, - густина, - ізобарна теплоємність); процеси дифузії з часом релаксації - коефіцієнт дифузії); процеси внутрішнього тертя з часом релаксації - кінематична в'язкість, - динамічна в'язкість) та ін.
Термодинаміка незворотних процесів, що є феноменологічною основою для вивчення незворотних процесів у різних системах, в тому числі і біофізичних, спирається на такі положення та поняття: лінійний закон, принцип симетрії кінетичних коефіцієнтів, закони збереження, виробництво ентропії, спряження потоків, стаціонарний стан, теорема Пригожина та ін.