Необхідно ще зазначити, що епітопи- ті ділянки антигенів, які розпізнаються рецепторними зонами Т і В клітин.
Антитіла (і В лімфоцити) зв'язують нативний антиген і впізнають на його поверхні так звані В-епітопи, які належать в основному до конформаційног типу і розташовані у місцях найбільшої гідрофільності та гнучкості поліпептидного ланцюга.
Але ж у процесі імунної відповіді антиген розпізнається і
Т лімфоцитами. Ділянки антигену, що розпізнаються Т лімфоцитами, називаються Т-епітопами. Їх положення і структура визначаються не так легко, як для В епітопів, тому що Т клітини впізнають антигени зовсім по-іншому.
1. Для розпізнання Т лімфоцитами антиген має бути процесованим (розщепленим). Процесинг відбувається всередині АПК під дією протеолітичних ферментів. Спектр пептидів, що утворюються, залежить від типу протеаз, які відрізняються у різних типів клітин. Якщо антигенні макромолекули за дії цих протеаз не піддались повній деструкції, то вони лишаться слабко імуногенними. Так, ферменти макрофагів розщеплюють білки, які побудовані з L – ізомерів, і зовсім нечутливі до D-ізомерів, що є причиною дуже низької імуногенності синтетичних полімерів, побудованих з D-амінокислот.
2. Процесований пептид має бути представленим у комплексі із білками головного комплексу гістосумісності: відбір антигенного пептиду залежить від структури цих білків, які є високо поліморфними і відрізняються навіть у різних особистостей одного виду.
3. Розпізнання представленого пептиду залежить від репертуару Т-клітинних рецепторів, який є результатом позитивного та негативного відбору у певного індивіда.
Отже, антиген, який розпізнається Т-клітинами, містить дві ділянки- для розпізнавання Т-клітинним рецептором-відомий нам епітоп, а також для розпізнавання молекулами МНС- агретоп. Паратоп- частина імуноглобуліна, яка вступає в контакт з епітопом на поверхні АГ.
В результаті, Т-епітоп - це лінійний пептид, який утворюються в результаті протеолізу (процесингу) нативного антигену.
Його положення не пов'язане із гідрофільністю чи рухомістю поліпептидного ланцюга. Воно залежить як від структури нативного білка (потенційні сайти протеолізу, пептидні мотиви, що відповідають сайтам зв'язування білків гістосумісності), так і від стану імунної системи індивідуального реципієнта (репертуар білків гістосумісності і Т-клітинних рецепторів). Т-епітопи більше пов'язані із сайтами чужорідності антигену по відношенню до білків реципієнта, ніж В-епітопи, оскільки репертуар Т-рецепторів проходить більш суворий негативний відбір.