Ст. 27 Конвенції передбачає створення в межах Суду трьох різних типів органів: комісій, палат і Великої палати.
Комісія, до складу якої входить три судді, може визнати неприйнятною або вилучити з реєстру справ індивідуальну заяву, якщо така ухвала може бути винесена без додаткового вивчення. Кожна така ухвала є остаточною і особа, що звернулась із заявою, не може вимагати її перегляду.
У палатах, на другому рівні організаційної структури Суду, здійснюється більша частина його роботи. До складу палат входять сім суддів, включаючи й члена палати за посадою – суддю, якого було обрано від зацікавленої держави-учасниці, або особу, яка призначається для участі в засіданнях в разі відсутності такого судді.
Окрім створення комісій, про які йшлось вище, палата приймає ухвали щодо прийнятності та суті міждержавних і індивідуальних заяв, які не були визнані неприйнятними у комісіях. Як правило, палата приймає рішення щодо прийнятності окремо від рішення по суті.
Велика палата – третій рівень, на якому здійснюється робота Суду. До складу Великої палати входять сімнадцять суддів. Окрім члена Великої палати за посадою, який засідає на тих же умовах, що визначаються по відношенню до члена палати за посадою, пункт 3 статті 27 також зараховує до складу Великої палати Голову Суду, заступників Голови, голів палат та інших суддів, які визначаються відповідно до регламенту Суду.
Велика палата вповноважена розглядати лише ті справи, які були передані до неї і лише в трьох випадках. Відповідно до статті 30, палата може відмовитись від своєї юрисдикції на користь Великої палати за таких обставин:
– якщо справа, яку розглядає палата, порушує серйозне питання щодо тлумачення Конвенції чи протоколів до неї;
– якщо вирішення питання, яке вона розглядає, може призвести до результату, несумісного з рішенням, постановленим Судом раніше;
– якщо жодна зі сторін у справі не заперечує проти цього.