Бюджетне фінансування базується на загальних принципах фінансування, але має і свої специфічні особливості, а саме:
- кошти на покриття витрат відпускаються тільки з одного бюджету за підпорядкованістю підприємства, установи чи організації. Виняток становить фінансування загальнодержавних заходів - боротьба з епідеміями, епізоотіями, ліквідація втрат від катастроф та стихійного лиха тощо;
- фінансування бюджетних установ здійснюється на основі встановлених економічно і науково обгрунтованих нормативів, що встановлюються для кожної сфери діяльності держави;
- розподіл установ на ті, що фінансуються з державного бюджету, і ті, що отримують асигнування з місцевих бюджетів, здійснюється залежно від значущості та підпорядкування.