Два ланцюги ДНК в області гена принципово розрізняються по своїй функціональній ролі: одна з них є кодуючою, або змістовною (смисловою), друга – матричною.
Це означає, що в процесі "зчитування" гена (транскріпції, або синтезу про-мРНК) як матриця виступає тільки одна - матрична - ланцюг ДНК. Продукт цього процесу - про-мРНК - по послідовності нуклеотидів співпадає з кодуючим ланцюгом ДНК (із заміною тимінових основ на урацилові).
Таким чином, виходить, що за допомогою матричного ланцюга ДНК при транскрипції відтворюється в структурі РНК генетична інформація кодуючого ланцюга ДНК.
На малюнках ген прийнято зображувати так, щоб кодуючий ланцюг була згори; тоді, відповідно до загального правила зображення ДНК, 5'- кінець кодуючого ланцюга повинен розташовуватися ліворуч.
Інформація на кодуючому ланцюзі записана у напрямі 5'→3'; отже, промотор знаходиться з боку 5'- кінця кодуючого ланцюга гена. І цей же кінець прийнято вважати 5 '- концем усього гена (хоча у його матричного ланцюга тут знаходиться 3'- кінець).
Всього на довгій молекулі ДНК знаходиться декілька тисяч генів. І, як правило, для усіх цих генів кодуючим є один і той же ланцюг ДНК. Але іноді буває інакше: для одних генів змістовною виступає один ланцюг ДНК, а для інших генів - протилежний ланцюг. Такі гени, очевидно, читаються у різних напрямах. Подібна ситуація виявлена, зокрема, для п'яти генів гістонів у дрозофіли: напрямок читання двох генів відрізняється від такого для трьох інших.