Кількість різних тРНК - декілька десятків: від одного до шести видів для кожної з 20 амінокислот. Види тРНК, здатні зв'язувати одну і ту ж амінокислоту, називаються ізоакцепторними. Специфічність тРНК позначається верхнім індексом, наприклад: тРНКАла.
Загальне число нуклеотидів в молекулі тРНК - невелике: звичайно не більше сотні. Серед них високий вміст мінорних, або модифікованих, нуклеотидів. Наприклад, в аланіновій тРНК (див. мал.) такими є 13 % нуклеотидів.
У їх складі - наступні "нетипові" нуклеозиды:
- дигідроуридин (дгУ) і псевдоуридин;
- інозин (І) : у порівнянні з аденозином, аміногрупа заміщена на кетоногрупу;
- метилінозин (мІ), метил- і диметилгуанозин (мГ і м2Г);
- метилуридин (мУ) : те ж саме, що риботимидин.
Інша особливість полягає в тому, що, завдяки утворенню декількох "шпильок", ланцюг тРНК завжди набуває характерну структуру "листа конюшини". У цій структурі - 4 дволанцюжкових і 5 одноланцюжкових ділянок. Поскільки мінорні нуклеотиди, як правило, не здатні до комуплементарним взаємодій, вони містяться, в основному, в одноланцюжкових локусах. Для останніх же (одноланцюжкових ділянок) прийняті наступні назви:
Акцепторна гілка- ділянка на 3'- кінці з 4-х нуклеотидів; до самого крайнього з них (А) ковалентно приєднується амінокислота.
Антикодонова петля - ділянка з 7 нуклеотидів в середині ланцюга. Три з цих нуклеотидів виконують функцію антикодона, який комплементарно взаємодіє з відповідним кодоном в ланцюзі мРНК.
Дигідроуридилова, псевдоуридилова і наявна не завжди додаткові петлі: сприяють формуванню специфичної для даної тРНК третинної структури.
Сама наявність стабільної третинної структури - ще одна особливість тРНК: для довгих лінійних полінуклеотидів (мРНК, ДНК) це зазвичай не властиво. У разі ж тРНК 4 дволанцюжкових ділянки, попарно зближуючись, утворюють приблизно два витки подвійної спіралі, розташовані майже перпендикулярно один одному, - так, що молекула набуває Г-подібної форми (див.мал.).