Точність секвенування та вартість секвенування

Точність секвенування

Висока точність секвенування необхідна для наступних цілей:

Діагностики

наприклад, в криміналістиці, виявлення захворювання алелів у пацієнтів

Білок-кодують прогнозів

Одна інсерція або делеція змінює рамку зчитування

Низької точності, достатньо для пошуку гомології

Відмінності в послідовності виконують пошукові програми

Не всі проекти потребують такого ж рівня точності. Висока точність секвенування необхідна для діагностики та експертизи. Якщо одну пару основ зміни діагностика для конкретного алеля хвороби, не буде точною. Те ж саме має місце в криміналістиці, коли результат судового розгляду може виявитися на точності послідовності ДНК. Цей тип послідовності майже завжди "проводять повторно" визначаючи послідовності конкретної людини і порівнюють її з еталонною послідовністю. У геномному секвенуванні, висока точність необхідна для білок-кодуючих передбачень. Одна інсерція або делеція змінить рамку зчитування і таким чином змінить послідовність білка. Значно меншої точності, як правило, достатньою для пошуку гомології, коли основною метою є визначити, чи існує подібний ген, який відомий в іншому організмі. Цей процес є більш гнучким, оскільки програми пошуку гомології призначені бути толерантними до відмінностей в двох порівнюваних послідовностей.

Рівень точності визначає вартість проекту

Збільшення точності з однієї помилки на 100 до однієї помилки на 10000 збільшує вартість в три-п'ять разів

Необхідно визначити відповідний рівень точності для кожного проекту

Якщо характеристика (reference) послідовністі вже існує, то нижнього рівня точності має вистачити

Можна знайти гени в геномі, але не їх позиції

Вартість геномного проекту секвенування пропорційно рівне необхідній точності. Наприклад, підвищення точності з однієї помилки в 100 до однієї помилки на 10000 збільшує витрати в три-п'ять разів. Таким чином, важливо визначити рівень точності, який підходить для кожного проекту. Якщо відома характеристика послідовності (від близькоспоріднених організмів) існує, то нижнього рівення точності, як правило, достатньо. Такий рівень точності дозволяє ідентифікувати гени в геномі, але не обов'язково їх положення на хромосомі.

Охоплення секвенування (Sequencing coverage)

Охоплення кількість разів, то ж самого регіону послідовно

В ідеалі, потрібна рівна кількість послідовностей в кожному напрямку

Для отримання точності до однієї помилки на 10000 основ, необхідно наступне:

10 х охоплення

Строга обробка

Повна послідовність

Ідеально секвеновані основи

Охоплення кількість разів, що ж самого регіону послідовності. В ідеалі, приблизно стільки ж послідовностей слід читати в кожному напрямку, а неясності, які з'являються, коли регіон секвеновано в одному напрямку, часто можуть бути вирішені шляхом зчитування послідовності в зворотному напрямку. Ідеально секвеновані основи, які мають точність до однієї помилки на 10000 основ, після десятикратного охоплення необхідного на додаток до суворої обробки. Цей метод також відомий як повне секвенування.

Rough-проект і до скіммінг послідовності (Rough-draft and skimming sequence)

Rough-проект відноситься до послідовності в середньому 5 х охопленням

Skimming 1 - 3 х охопленням

Отримує 67% - 9 7% послідовності

В середньому, 99% точно

Найбільший використання, коли можна порівняти послідовність посиланням послідовності

Наприклад, шимпанзе, геном в порівнянні з геномом людини

Більш низькі рівні охоплення є придатними для ряду застосувань. П'ятикратне охоплення називається чернеткою. Послідовності генома людини був вперше опублікований, коли він був на даному етапі. Охоплення 1-3 рази відомо як скіммінг. Такий підхід дає 67% до 97% від послідовності і становить, в середньому, 99% точно. Цей рівень охоплення все ще може бути дуже інформативним, коли вже існує подібна послідовність з тісно пов'язаних організмів, наприклад, при порівнянні послідовності шимпанзе з людською послідовністю.

Читайте також:

<== попередня сторінка	\|	наступна сторінка ==>
Секвенування параметрів	\|	EST секвенування 2

Не знайшли потрібну інформацію? Скористайтесь пошуком google:

Генерація сторінки за: 0.004 сек.