EST секвенування 2

EST секвенування1

Індустріалізація секвенування

Наймасштабніші проекти секвенування розділили завдання між різними групами

Велико-вставочні бібліотеки

Процес секвенування

Обробка

Секвенування машин в режимі 24/7

Багато завданнь, що виконуються роботами

Для отримання ефективного масштабу та підвищення ефективності, більшість великих проектів секвенування розділити завдання між різними групами вчених. Наприклад, одна команда буде генерувати велико-вставочні бібліотеки, інша буде виконувати секвенування, а третя буде робити обробку. У великих центрах, секвенування, які містяться в Baylor University, Університет Вашингтона, і Массачусетського технологічного інституту, автоматизовані інструменти секвенування працюють 24 години на добу, сім днів на тиждень. Багато із завдань, включаючи збирання клонів, перебігаючи реакції секвенування, і завантаження автоматизованих секвенаторів, виконують роботи. Штрих-кодування часто використовується для відстеження великої кількості зразків. Ці великі центри секвенування нагадують високотехнологічні фабрики більші, ніж вони лабораторії біологічних досліджень.

Ідея: послідовність тільки "важливих" генів

Ці гени експресуються в конкретній тканині

Випадкові послідовності кДНК з РНК, виділені з тканини інтересу

У перші дні проекту Генома Людини, коли секвенувати всі 3 мільярдів основ, здавалося, було майже нездійсненним завданням, альтернативним підходом було запропоновано: секвенування просто «важливих» генів, тобто тих, які експресуються, зокрема тканинах. Серед тих, хто намагався здійснити цей підхід, Дж. Крейг Вентер, в той час як в NIH, перш ніж стати главою Celera, показав, що він може дати велику кількість корисної інформації. Основна ідея полягала в секвенуванні випадкових частина кДНК з РНК, виділених з тканини інтересу. Зображення на цьому слайд показує бібліотеки кДНК з людських м'язів. Бібліотека знаходяться в лунках, і індивідуальні клони випадкової послідовності.

Створення бібліотеки кДНК

Відбір клонів випадково

Послідовність з одного або обох кінців

Один прохід секвенування

Отримана послідовність = експресія послідовності тега (EST) expressed sequence tag

Перший крок у цьому альтернативному підході, так звана EST послідовності, зробити бібліотеки кДНК з РНК, виділеної з тканин або клітин інтересу. Потім кДНК-клони вибрані випадковим чином і секвеновані від одного або обох кінців. Головне те, що ніхто не намагається отримати повну послідовність клона, тільки за один прохід секвенування від одного з кінців. Ця послідовність відома як "експресія послідовності тегів» або EST. Було показано, що в більшості випадків, за один прохід ця послідовність дає достатньо інформації для виконання пошуку гомології. Як тільки клони з гомологією з генами інтересу визначені, клони можуть бути повністю або послідовно використані в якості зондів, щоб витягнути відповідні геномні регіони.

Читайте також:

<== попередня сторінка	\|	наступна сторінка ==>
Точність секвенування та вартість секвенування	\|

Не знайшли потрібну інформацію? Скористайтесь пошуком google:

Генерація сторінки за: 0.006 сек.