Картування на основі секвенування 1

Перевірка

Обробка (Finishing) 2

Щоб заповнити прогалини в послідовності, створюють праймери і послідовності праймерів

Для забезпечення адекватного охоплення, знаходять регіони, де немає достатнього охоплення та використовують специфічні праймери для тих областей

Прогалини, як правило, заповнюються послідовністю, що створюють праймери, які доповнюють один одного в регіонах, прилеглих до щілин. Реакції секвенування потім виконується з використанням цих праймерів на дані клони, що містять проблемну область ДНК в якості матриці. Подібна стратегія використовується для районів з недостатнім охопленням: Custom праймери зроблені і потім використані для спрямованого секвенування конкретного регіону.

Регіон перевіряють на наступне:

Покриття

Якість послідовність

Суміжність

Визначають рестрикційно-ферментне розщеплення сайтів

Створення рестрикційних карт регіону секвенування

Не можна не погодитися з фінгерпрінговим генеруванням клону під час кроку картування

На заключному етапі обробки перевіряють послідовності. Всі регіони перевіряються на ступінь охоплення (наприклад, скільки разів того ж регіону були послідовними, і в якому напрямку), якість послідовності (тобто чи було видалене повторення для всіх позицій в послідовності), і суміжність (тобто, чи послідовність утворює одну безперервну ділянку ДНК). Хорошою перевіркою якості послідовності, є , яке часто використовується в завершальній стадії, щоб визначити місце, де ферменти рестрикції б розрізали в недавно включену послідовність. Рестрикційна карта формується з послідовності, а потім порівнюється з вже відомими фінгерпрінгами, отриманими від клонів під час кроку картування. Якщо обидва показують по тій же схемі, то це вважається ознакою того, що послідовність має високу якість і відносно мало помилок.

Проект Геному Людини запозичив стратегію основану на картуванні

Початок з чітко визначеної фізичною карти

Створення найкоротшого шляху доріжки для велико-вставочних клонів

Установлення послідовності для кожного клону

Потім збір всієї послідовності, що заснований на фізичній карті

Проект Геному Людини запозичив стратегію основану на картуванні для всіх геномів, що були розшифровані. Такий підхід, починається з чітко визначеною фізичною карти, що як правило, складається з перекриваючих BAC або PAC клонів. Серед перекриваючих клонів, ті, які утворюють те, що називається найкоротшим шляхом доріжки. Найкоротший шлях доріжки це просто набір клонів, які мають найменш перекриттів між ними. Причина використання найкоротшого шляху доріжки є те, що менше клонів, потребують бути послідовними. Кожен клон потім випадково порізаний, і послідовно прочитаний і зібраний. Збирання з послідовності кожного BAC або PAC, всю послідовність кожної хромосоми засноване на фізичній карті. Ця процедура вимагає знайти послідовність перекриття кожного велико-вставочного клона (у найкоротший шлях доріжки) і видалити перекриття частини однієї з двох послідовностей, щоб сформувати одну безперервну послідовність.

Читайте також:

<== попередня сторінка	\|	наступна сторінка ==>
Обробка (Finishing) 1	\|	Метод дробовика секвенування цілого геному 3

Не знайшли потрібну інформацію? Скористайтесь пошуком google:

Генерація сторінки за: 0.003 сек.