МАРК РЕГНЕРУС ДОСЛІДЖЕННЯ: Наскільки відрізняються діти, які виросли в одностатевих союзах
РЕЗОЛЮЦІЯ: Громадського обговорення навчальної програми статевого виховання ЧОМУ ФОНД ОЛЕНИ ПІНЧУК І МОЗ УКРАЇНИ ПРОПАГУЮТЬ "СЕКСУАЛЬНІ УРОКИ" ЕКЗИСТЕНЦІЙНО-ПСИХОЛОГІЧНІ ОСНОВИ ПОРУШЕННЯ СТАТЕВОЇ ІДЕНТИЧНОСТІ ПІДЛІТКІВ Батьківський, громадянський рух в Україні закликає МОН зупинити тотальну сексуалізацію дітей і підлітків Відкрите звернення Міністру освіти й науки України - Гриневич Лілії Михайлівні Представництво українського жіноцтва в ООН: низький рівень культури спілкування в соціальних мережах Гендерна антидискримінаційна експертиза може зробити нас моральними рабами ЛІВИЙ МАРКСИЗМ У НОВИХ ПІДРУЧНИКАХ ДЛЯ ШКОЛЯРІВ ВІДКРИТА ЗАЯВА на підтримку позиції Ганни Турчинової та права кожної людини на свободу думки, світогляду та вираження поглядів
Контакти
Тлумачний словник Авто Автоматизація Архітектура Астрономія Аудит Біологія Будівництво Бухгалтерія Винахідництво Виробництво Військова справа Генетика Географія Геологія Господарство Держава Дім Екологія Економетрика Економіка Електроніка Журналістика та ЗМІ Зв'язок Іноземні мови Інформатика Історія Комп'ютери Креслення Кулінарія Культура Лексикологія Література Логіка Маркетинг Математика Машинобудування Медицина Менеджмент Метали і Зварювання Механіка Мистецтво Музика Населення Освіта Охорона безпеки життя Охорона Праці Педагогіка Політика Право Програмування Промисловість Психологія Радіо Регилия Соціологія Спорт Стандартизація Технології Торгівля Туризм Фізика Фізіологія Філософія Фінанси Хімія Юриспунденкция |
|
|||||||
Обробка (Finishing) 1Зчитування зібраної послідовності Послідовність складання Фрагменти для секвенування Як правило, використовують частини 2-10 кб для секвенування Клонування в векторі секвенування Містить сайти зв'язування праймерів для секвенування Можуть бути одноланцюгові або дволанцюгові Процес секвенування, як правило, здійснюється на фрагментах 2-10 Кб. Ці випадково порізані фрагменти повинні бути субклоновані в векторі секвенування, який містить сайти зв’язування з праймерими, що використовуються для ініціювання реакції секвенування. Векторів секвенування може бути одноланцюговий, як вектор фага М13, або дволанцюговий як плазміди. Випадкові послідовності Спочатку збираються в перекриваючі послідовності Потім створюють одну безперервну послідовність Програма, що використовується для цієї операції називається PHRAP Аналізує кожну позицію, щоб визначити наступне: Якість послідовність Узгодження послідовностей в подібному регіоні Отримані з різних випадкових фрагментів Випадкові послідовності генерується з порізаних фрагментів спочатку їх збирають у перекриваючі послідовності. В залежності від бажаного охоплення, цьому кроку може знадобитися до 10 читань кожної частини ДНК. З цих перекриваючих послідовностей, складають одну безперервну послідовність. Ця задача, як правило, здійснюється з використанням автоматизованої програми для редагування відомої як PHRAP, розробленої Phil Green. Програма аналізує кожну позицію в послідовності і визначає якість кожного читання. Вона генерує послідовність консенсусу на основі різних послідовностей, що отримані з того ж регіону та їх внутрішньої узгодженості (тобто, як часто така ж основа буде знайдена в будь-якій позиції). Зчитування програмою PHRAP, показує як перекриваючі послідовності вишикувалися в одну безперервну послідовність. Процес складання необроблених послідовностей читання в точну безперервну послідовність Потрібна точність 1/10, 000 Управління процесом Подивіться на послідовність читання в позиціях, де програма не може сказати, які основи є правильним Усунення прогалин Забезпечення адекватного охоплення Хоча автоматизовані програми для редагування, такі як PHRAP значно підвищити ефективність секвенування, все одно залишається потреба в людських судженнях і втручаннях. Це відбувається під час останнього кроку обробки (finishing), який визначається як процес складання необробленої послідовності читання в точну безперервну послідовність генома. Для геномних послідовностей з точністю до однієї помилки на 10000 основи, крок ручної обробки має важливе значення. Дослідник дивиться на позиції, де автоматизована програма для редагування не може сказати, які основи є правильними. Досліджуючи різні необроблені послідовності читання, дослідник потім робить судження щодо правильної підстави або посилає ці області на додаткове секвенування. Аналогічним чином, коли є прогалини в послідовності або недостатнє охоплення, дослідник буде сигналізувати регіон і відправить його назад у процес секвенування для додаткової обробки. Читайте також:
|
||||||||
|