• Гідрологія і Гідрометрія
• Господарське право
• Економіка будівництва
• Економіка природокористування
• Економічна теорія
• Земельне право
• Історія України
• Кримінально виконавче право
• Медична радіологія
• Методи аналізу
• Міжнародне приватне право
• Міжнародний маркетинг
• Основи екології
• Предмет Політологія
• Соціальне страхування
• Технічні засоби організації дорожнього руху
• Товарознавство продовольчих товарів

Створення бібліотек

Кроки геномного секвенування

Автоматичне читання гелю

Автоматизований секвенатор MegaBACE

Зроблений Amersham

Має 96 капілярів, робот завантажує 384 ямкових пластин, за2- 4 години читає 800 основ

Основним конкурентом ABI 3700 є MegaBACE 4000, зроблений Amersham. Він також має 96 капіляри і робот виконує навантаження від 384-ямковий пластин для мікротитрування. Це займає від двох до чотирьох годин в перспективі і може читати до 800 баз точно.

Верхнє зображення: конфокальна детекція секвенсора MegaBACE флуоресцентно мічених ДНК

Нижнє зображення: комп'ютерне зображення послідовності яку читає автоматизований секвенатор

Обидва автоматизовані секвенсори виявляють флуоресцентно мічені ланцюги ДНК, коли вони проходять через капіляри. Секвенатор MegaBACE використовує конфокальні системи візуалізації, що показано у верхньому зображенні. Зчитування даних у вигляді піків флуоресценції, яке показано на нижньому зображенні.

Створення бібліотек

- Велико-вставочні бібліотеки з генома

Процес секвенування

- Створенні фрагменти мають бути впорядковані

- Виконання послідовності реакцій

- Визначення послідовності

Обробка( заключний етап)

- Збирання безперервних послідовностей

- Усунення прогалин

Секвенування генома може бути розбите на кілька етапів. По-перше, створення бібліотек великих фрагментів геномної ДНК. Друга стадія процес секвенування сама по собі може бути розба на більш дрібні кроки. Ці кроки включають в себе створення невеликих фрагментів ДНК, які повинні бути послідовними, виконують поточні реакції секвенування, і запуск реакції через автоматизований секвенатор. Третій етап обробки, і вона включає в себе збірку вихідних послідовностей які складаються в безперервні послідовності, а потім заповнення прогалин які залишилися у послідовності.

Бібліотека геномних фрагментів, зроблена у векторах

- BAC, PAC, або YAC

Зазвичай мають у декілька разів охоплення (coverage)

Кожна послідовність ДНК має від п'яти до восьми різних клонів

Важкі і неефективні послідовності безпосередньо з великих фрагментів

Потребують усунення на керовані частини

Випадково порізані

За допомогою рестрикраз або ультразвуком

Перший крок у великомасштабному секвенуванні, як правило, підготовка бібліотеки великих фрагментів геномної ДНК. Сьогодні, вектори, які найчастіше використовуються це BACs або PACs, але іноді YACs теж використовуються. Бібліотеки, як правило, зроблені з фрагментів досить великого розміру, щоб утримувати кілька разів охоплення генома, це означає, що будь-яка послідовність буде знайдена, в 5-8-ми копіях. Це важко і неефективно секвенувати безпосередньо від великих фрагментів, наступним кроком є звільнення кожного клону на керовані частини. Це робиться шляхом випадкового розрізання ДНК з кожного клону ультразвуком або за допомогою рестрикраз. Можуть бути отримані таким чином випадково порізані фрагменти певного розміру (наприклад, 2 Кб).

Читайте також:

1. ACCESS. СТВОРЕННЯ ЗВІТІВ
2. ACCESS. СТВОРЕННЯ ФОРМ
3. А. Створення власної папки.
4. Автоматичне і ручне створення об’єктів.
5. Адаптація законодавства України до законодавства ЄС - один із важливих інструментів створення в Україні нової правової системи та громадянського суспільства
6. Адаптація законодавства України до законодавства ЄС - один із важливих інструментів створення в Україні нової правової системи та громадянського суспільства
7. Адреси бібліотек України
8. АЛГОРИТМ СТВОРЕННЯ БРЕНДУ
9. Алгоритм створення тренінгової програми
10. Багатомовні бібліотеки
11. Безкласова адресація та створення підмереж.
12. Бібліотеки, архіви, музеї, виставки.

Переглядів: 765