Метод дробовика секвенування цілого геному 3

Метод дробовика секвенування цілого геному 2

Метод дробовика секвенування цілого геному1

Картування на основі секвенування 2

Аналогія для стратегії основаної на картуванні послідовності на прикладі думок про геном як набір книг. Кожен том містить один ВАС послідовності. У стратегії на основі картування, спочатку визначається порядок обсягу. Потім визначається інформація в кожному з окремих томів. Нарешті, знання порядку і обсягу матеріалу в кожному томі об'єднані в єдину збірку.

Розроблений компанією Celera

Дочірня компанія Applied Biosystems, виробник автоматизованих секвенаторів

Немає картування

Замість цього, весь геном ріжеться

Випадкові послідовності

В якості альтернативи секвенування на основі картування, біотехнологічна компанія Celera розробила метод дробовика для секвенування великих геномів. Хоча цей метод був застосований для невеликих геномів таких як віруси, він вважався недоречним для великих геномів, що містять повторювані послідовності. (Celera була створена як дочірня компанія Applied Biosystems, виробник автоматизованих інструментів секвенування.) У цьому підході, не потрібно робити фізичні карти. Замість цього, весь геном розглядається як одна велика вставка клону. Він випадково ріжеться на фрагменти. (Celera використовували 2-кб, 10-кб, і 50-кб субклони). Ці фрагменти потім випадковим чином секвенуються, поки не буде достатнього охоплення.

Щоб зрозуміти метод секвенування дробовика цілого генома, давайте використовувати аналогію книги ще раз: На сторінці кожного тому визначається інформація про випадкові фрагменти. Ця процедура виконується декілька разів, тому можуть бути знайдені пропозиції перекриття. Ґрунтуючись на цих перекриттях, вся робота потім збирається.

Основні завдання: збірка

Повторювальні елементи є найбільшою проблемою

Виповнюється на дуже високо швидкісних комп'ютерах, з використання нового програмного забезпечення

Ключ до збірки в парному читанні

Послідовність обох кінців кожного клону

Головним завданням методу дробовика секвенування цілого геному це зібрання величезної кількості індивідуальних послідовностей, що читаються в одній безперервній послідовності. Комп'ютерна програма, що була написана команда на чолі з Myers, щоб зібрати послідовності ДНК. Для запуску програми потрібні одні з найшвидших комп'ютерів, що існують. Один з ключів до збірки послідовності є використання парного читання: При секвенувальному процесі, клони кодуються таким чином, щоб можна було визначити, коли клон читається з обох кінців.

Читайте також:

<== попередня сторінка	\|	наступна сторінка ==>
Картування на основі секвенування 1	\|	Гібридний підхід

Не знайшли потрібну інформацію? Скористайтесь пошуком google:

Генерація сторінки за: 0.003 сек.