• Гідрологія і Гідрометрія
• Господарське право
• Економіка будівництва
• Економіка природокористування
• Економічна теорія
• Земельне право
• Історія України
• Кримінально виконавче право
• Медична радіологія
• Методи аналізу
• Міжнародне приватне право
• Міжнародний маркетинг
• Основи екології
• Предмет Політологія
• Соціальне страхування
• Технічні засоби організації дорожнього руху
• Товарознавство продовольчих товарів

Секвенування параметрів

Розміри геномів і кількість генів

Завершені геноми в 2002

Кількість повністю секвенованих геномів зростає. Більше 60 бактеріальних геномів між 800000 до 6 мільйонів пар нуклеотидів (п.н.) були повністю секвеновані, більшість за допомогою методу дробовика. Перший еукаріотичний геном, що був секвенований - пекарські дріжджі, Saccharomyces CEREVISIAE, розміром в 15 мільйонів пар основ, використовуючи підхід на основі картування. Секвенування інший дріжджів, Saccharomyces Ротьє, недавно було завершена. Аскариди, C. Елеганс, була першим багатоклітинним організмом, що був секвенований. Його 100-мільйон-ВР геном секвенували з картування. Плодової мушки дрозофіли був секвенований з використанням WGS підходу у співпраці між Celera і державними зусиллями. Цей проект розглядається в якості розминки Celera для перевірки WGS перш ніж приступати до Генома Людини. Секвеновані геноми двох рослин, арабідопсіса і рису, були послідовними, секвенувала за допомогою підходу картування. Секвенували геном миші за допомогою гібридного підходу. Геном риби фугу, Fugu rubripes, який був розрекламований, як хребетні з найменшим геномом (365 мільйонів пар основ), був секвенований з використанням WGS. Геном для малярійних комарів, Anopheles, був також секвенований з використанням WGS.

У таблиці на цьому слайді показаний взаємозв'язок між розміром геному і числом генів, яке можна знайти у кожному геномі.

Складність і вартість масштабних проектів секвенування залежить від наступних параметрів:

Точності

Як багато помилок переноситься

Охоплення (Coverage)

Скільки разів один и той самий регіон секвенують

Ці два параметри зв'язані

Більше охоплення зазвичай означає більш високу точність

Точність також залежить від зусиль обробки (finishing – кінцевий етап)

Складність і вартість великомасштабного секвенування залежать від двох параметрів: точності і охопленням. Точність означає, скільки помилок можна допустити в кінцевій послідовності. Охоплення є мірою того, скільки разів, секвенується один і той же регіон послідовності. Звичайно, ці два параметри зв'язані між собою. Зі збільшенням охоплення, зазвичай отримують більш високу точність. Тим не менш, точність залежить від більше, ніж просто охоплення, якість обробки також відіграє важливу роль у визначенні рівня точності.

Читайте також:

1. EST секвенування 2
2. I. Доповнення до параграфу про точкову оцінку параметрів розподілу
3. Визначення оптимальних параметрів системи.
4. Визначення основних параметрів газгольдера
5. Визначення основних параметрів грошових потоків.
6. Визначення основних параметрів складів
7. Визначення параметрів і показників для вимірювання кожного процесу та націлення їх на величини
8. Визначення параметрів, що підлягають оцінюванню.
9. Визначення та контроль метереологічних параметрів
10. Вимірювання параметрів
11. Вимірювання параметрів вібрацій
12. Вимірювання параметрів електротехнічних пристроїв.

Переглядів: 767