Секвенування параметрів

Розміри геномів і кількість генів

Завершені геноми в 2002

Organism	Base pairs	Whole-genome shotgun	Mapbased	Hybrid
> 40 Bacteria	0.8-6 million	+	–	–
Yeast	15 million	–	+	–
C. elegans (roundworm)	100 million	–	+	–
Drosophila (fruitfly)	120 million	+	–	–
Arabidopsis (thale cress)	130 million	–	+	–
Rice	435 million	–	+	–
Human	3 billion	+	+	–
Mouse	2.5 billion	–	–	+
Fugu (puffer fish)	365 million	+	–	–
Anopheles (malaria-carrying mosquito)	278 million	+	–	–

Кількість повністю секвенованих геномів зростає. Більше 60 бактеріальних геномів між 800000 до 6 мільйонів пар нуклеотидів (п.н.) були повністю секвеновані, більшість за допомогою методу дробовика. Перший еукаріотичний геном, що був секвенований - пекарські дріжджі, Saccharomyces CEREVISIAE, розміром в 15 мільйонів пар основ, використовуючи підхід на основі картування. Секвенування інший дріжджів, Saccharomyces Ротьє, недавно було завершена. Аскариди, C. Елеганс, була першим багатоклітинним організмом, що був секвенований. Його 100-мільйон-ВР геном секвенували з картування. Плодової мушки дрозофіли був секвенований з використанням WGS підходу у співпраці між Celera і державними зусиллями. Цей проект розглядається в якості розминки Celera для перевірки WGS перш ніж приступати до Генома Людини. Секвеновані геноми двох рослин, арабідопсіса і рису, були послідовними, секвенувала за допомогою підходу картування. Секвенували геном миші за допомогою гібридного підходу. Геном риби фугу, Fugu rubripes, який був розрекламований, як хребетні з найменшим геномом (365 мільйонів пар основ), був секвенований з використанням WGS. Геном для малярійних комарів, Anopheles, був також секвенований з використанням WGS.

У таблиці на цьому слайді показаний взаємозв'язок між розміром геному і числом генів, яке можна знайти у кожному геномі.

Складність і вартість масштабних проектів секвенування залежить від наступних параметрів:

Точності

Як багато помилок переноситься

Охоплення (Coverage)

Скільки разів один и той самий регіон секвенують

Ці два параметри зв'язані

Більше охоплення зазвичай означає більш високу точність

Точність також залежить від зусиль обробки (finishing – кінцевий етап)

Складність і вартість великомасштабного секвенування залежать від двох параметрів: точності і охопленням. Точність означає, скільки помилок можна допустити в кінцевій послідовності. Охоплення є мірою того, скільки разів, секвенується один і той же регіон послідовності. Звичайно, ці два параметри зв'язані між собою. Зі збільшенням охоплення, зазвичай отримують більш високу точність. Тим не менш, точність залежить від більше, ніж просто охоплення, якість обробки також відіграє важливу роль у визначенні рівня точності.

Читайте також:

<== попередня сторінка	\|	наступна сторінка ==>
Гібридний підхід	\|	Точність секвенування та вартість секвенування

Не знайшли потрібну інформацію? Скористайтесь пошуком google:

Генерація сторінки за: 0.005 сек.