У структурній побудові СЕП чітко вимальовуються три рівні: нижній, середній та верхній.
На нижньому рівні перебувають комерційні банки, їхні філії — учасники СЕП разом із власною електронною системою автоматизації (САБ), програмно-технічним комплексом АРМ-3, засобами захисту інформації та електронної пошти.
Середній рівень — це територіальні управління НБУ, регіональні розрахункові палати (РРП) разом з програмно-технічним комплексом АРМ-2, засобами захисту інформації та електронної пошти.
На верхньому рівні функціонують операційне управління НБУ, центральна розрахункова палата (ЦРП) разом з програмно-технічним комплексом АРМ-1, засобами захисту інформації та електронної пошти. До цього рівня віднесене також територіальне управління НБУ по м. Києву і Київській області, оскільки для банків цього регіону не створювалася окрема розрахункова палата, а їх обслуговування доручено ЦРП.