За наявності в комерційного банку філій виникає проблема виходу в СЕП для кожної з них. Він може бути безпосереднім або опосередкованим. У першому випадку кожна філія має прямий вихід у СЕП, де їй відкривається самостійний технічний коррахунок і розрахункова діяльність її здійснюється незалежно від головного офісу банку. У другому випадку вихід у СЕП має тільки головний банк, а всі його складові установи (філії) здійснюють розрахунки через коррахунки головного банку. У цьому разі банку потрібно створювати свою власну внутрішньобанківську платіжну систему (ВПС).
Функціонування ВПС характеризується такими рисами:
- консолідація коштів усіх установ даного банку на одному коррахунку, що розширює платіжні можливості кожної структури банку порівняно з тим, якби вони мали свої коррахунки в НБУ;
- посилення ролі головного банку в організації міжбанківських розрахунків усіх його структур, оскільки всі потоки документів і платежів проходять через АРМ-3 головного банку. Це дає можливість останньому одержувати надійну інформацію про всі платежі, що здійснюються його структурами, і керувати ними відповідно до ситуації, що склалася в цілому по банку;
- здійснення платежів між структурами одного банку за допомогою програмно-технічних засобів самого банку без виведення їх у СЕП, що сприяє їх прискоренню, спрощенню і здешевленню;
- ведення субкоррахунків для всіх філій банку безпосередньо в ВПС з відбиттям на них не тільки внутрішньобанківських, а й позабанківських платежів, що зумовлює поєднання ВПС із СЕП.
Забезпечує діяльність ВПС головний розрахунковий центр комерційного банку (ГРЦ). Він веде субкореспондентські рахунки для кожної філії банку, за якими самостійно здійснює міжфілійні платежі всередині банку, а також відображає платіжні обороти філій з іншими банками, що здійснюються через СЕП. ГРЦ приймає всі початкові платіжні документи від філій банку, сортує їх на внутрішньобанківські, які оплачує перерахуванням коштів із субрахунку філії-платника на рахунок філії-одержувача, і на позабанківські, які включає в загальний пакет початкових платежів головного банку і направляє через АРМ-3 в СЕП для оплати через консолідований коррахунок банку. Після надходження від СЕП оплачених документів ГРЦ сортує їх по філіях і заносить суми документів на їхні субкоррахунки.