Всі роботи моделі нумеруються. Номер складається з префікса і числа. Може бути використаний префікс будь-якої довжини, але звичайно використовують префікс А. Контекстна (коренева) робота дерева має номер А0. Роботи i декомпозиції А0 мають номери А1, А2, A3 і так далі. Роботи декомпозиції нижнього рівня мають номер батьківської роботи і черговий порядковий номер, наприклад роботи декомпозиції A3 матимуть номери А31, А32, АЗЗ, А34 і так далі. Роботи утворюють ієрархію, де кожна робота може мати одну батьківську і декілька дочірніх робіт, утворюючи дерево. Таке дерево називають деревом вузлів, а вищеописану нумерацію - нумерацією по вузлах. Діаграми IDEF0 мають подвійну нумерацію. По-перше, діаграми мають номери по вузлу. Контекстна діаграма завжди має номер А-0, декомпозиція контекстної діаграми - номер А0, решта діаграм декомпозиції - номери по відповідному вузлу (наприклад, A1, A2, А21, А213 тощо). Bpwin автоматично підтримує нумерацію по вузлах, тобто при проведенні декомпозиції створюється нова діаграма і їй автоматично присвоюється відповідний номер. У результаті проведення експертизи діаграми можуть уточнюватися і змінюватися, отже, можуть бути створені різні версії однієї і тієї ж (з погляду її розташування у дереві вузлів) діаграми декомпозиції. Bpwin дозволяє мати у моделі тільки одну діаграму декомпозиції у даному вузлі. Колишні версії діаграми можна зберігати у вигляді паперової копії або як FEO-діаграму. (На жаль, при створенні FEO-діаграм відсутня можливість відкату, тобто з діаграми можна отримати декомпозиції FEO, але не навпаки.) У будь-якому випадку необхідно відрізняти різні версії однієї і тієї ж діаграми. Для цього існує спеціальний номер - C-number, який повинен присвоюється автором моделі вручну. C-number - це довільний рядок, але рекомендується дотримуватися стандарту, коли номер складається з буквенного префікса і порядкового номера, причому як префікс використовуються ініціали автора діаграми, а порядковий номер відстежується автором вручну, наприклад МСВ00021.