Ситуація, коли при злитті декількох версій зроблені в них зміни перетинаються між собою, називають конфліктом.
При конфлікті змін система управління версіями не може автоматично створити об'єднаний проект і змушена звертатися до розробника. Як вже говорилося вище, конфлікти можуть виникати на етапах фіксації змін, оновлення або злиття гілок. У всіх випадках при виявленні конфлікту відповідна операція припиняється до його дозволу.
Для вирішення конфлікту система, в загальному випадку, пропонує розробнику три варіанти конфліктуючих файлів: базовий, локальний і серверний. Конфліктуючі зміни або показуються розробнику в спеціальному програмному модулі об'єднання змін (в цьому випадку там демонструються зливав варіанти і динамічно змінюється залежно від команд користувача об'єднаний варіант файлу), або просто позначаються спеціальною розміткою прямо в тексті об'єднаного файлу (тоді розробник повинен сам сформувати бажаний текст в спірних місцях і зберегти його).
Конфлікти в файлової системі дозволяються простіше: там може конфліктувати тільки видалення файлу з однією з інших операцій, а порядок файлів в каталозі не має значення, так що розробнику залишається лише вибрати, яку операцію потрібно зберегти зливається версії.