Методологія медичної інформатики заснована на методології загальної інформатики та розглядається як один із прикладних розділів наукової дисципліни інформатики, тому структуру її формують два розділи: загальна, базова інформатика та інформаційні технології в медицині.
Базова інформатика як практична інженерна дисципліна вивчає загальні інформаційні процеси, апаратне та програмне забезпечення, принципи створення комп'ютерних систем. Інформаційні процеси — це робота з інформацією зі збирання, зберігання, обробки, передачі та видачі її користувачу в потрібному вигляді. У коло цих питань включено проблеми, пов'язані з базами даних, базами знань, інформаційними системами, гіперсередовищем. Велике значення в інформатиці мають питання мови, комп'ютеризованого перекладу. Інформатика пронизує природничо-наукові та гуманітарні галузі знань і базується на традиційних науках:
ü електроніці — забезпечує технічну базу інформатики;
ü теорії інформації — математичний опис методів передачі й обробки даних;
ü теорії штучного інтелекту — здатності пристрою вирішувати завдання, асоційовані з розумними діями людини;
ü статистиці — дає змогу досліджувати імовірнісні процеси;
ü семіотиці — комплексі напрямів, що вивчають знакові системи (мова, символіка, логічні та математичні обчислення та ін.)
Технічну базу інформатики становлять:
ü комп'ютери;
ü засоби телекомунікації.
До програмних засобів інформаційних технологій базової інформатики відносять:
ü засоби автоматизації програмування;
ü текстові та графічні процесори;
ü засоби управління базами даних і знань;
ü засоби комп'ютерного моделювання;
ü засоби навчання та контролю за знаннями.
Інформаційні технології в медицині вивчають питання впровадження інформаційних процесів у практику ЛПЗ та в освітній процес.
Таким чином, медична інформатика, використовуючи інформаційні технології, вирішує проблеми профілактичні, діагностичні та клінічні, соціально-гігієнічної служби, адміністративного управління системою охорони здоров'я.
Для вирішення усіх цих завдань медична інформатика використовує як стандартні засоби інформатики, так і спеціальні медичні інформаційні технології та системи.