Виступаючи на міжнародній арені як самостійні об'єднання, ММУО є суб'єктами міжнародно-правової відповідальності. Вони, наприклад, повинні відповідати за протиправні дії своїх посадових осіб. Відповідальність організацій може настати й у разі зловживання ними привілеями та імунітетами.
ММУО можуть нести як політичну, так і матеріальну відповідальність.
Політична відповідальність організації може настати у разі порушення нею своїх функцій, невиконання угод, укладених з іншими організаціями та державами, втручання у внутрішні справи суб'єктів міжнародного права.
Матеріальна відповідальність ММУО може виникнути у разі порушення законних прав своїх співробітників, експертів, надмірної витрати коштів і т.д. Вони також зобов'язані відповідати перед урядами тієї держави, на території якої розміщуються їхні штаб-квартири, за протиправні дії, наприклад, за необґрунтоване відчуження землі, несплату комунальних послуг та ін.