Закладка органів травлення відбувається на ранніх етапах ембріогенезу – 7 – 8-ий день. Саме тоді проходить закладка первинної , яка на 12-йи день ділиться на 2 частини – внутрішньозародкову(майбутній шлунково-кишковий тракт) і незародкову (жовтковий мішок). Спочатку травна трубка закінчується сліпо – наявні ротоглоткова і клоакальна мембрани, які далі розсмоктуються (перша у 3 тижні, друга – у 3 місяці). З 4-ого тижня відбувається диференціація відділів травного каналу.
Функціонувати травна система починає теж у внутрішньоутробному періоді. На 4-ому місяці у кишках плода з’являється зеленуватий вміст – меконій– він складається зі злущених епітеліальних клітин, слизу, жовчі, що містяться в амніотичній рідині, яку заковтує плід. До кінця внутрішньоутробного періоду травна система сягає того ступеня розвитку, коли вона може забезпечити ентеральне живлення неовонародженого, при цьому найбільш диференційованими є ті структури, які забезпечують грудне (природне) вигодовування.