Внутрішній тактовий генератор AVR може запускатися від декількох джерел опорної частоти (зовнішній генератор, зовнішній кварцевий резонатор, внутрішня або зовнішня RC-ланка). Оскільки AVR-мікроконтролери повністю статичні, мінімальна допустима частота нічим не обмежена (аж до покрокового режиму). Максимальна робоча частота визначається конкретним типом мікроконтролера. Верхні межі частотного діапазону, вказані в табл.1, гарантують стійку роботу мікроконтролерів при роботі у всьому температурному діапазоні (хоча, наприклад, AT90S8515 при кімнатній температурі може бути "розігнаний" до 14 Мгц).
Сторожовий таймер
Сторожовий (WATCHDOG) таймер призначений для захисту мікроконтролера від збоїв в процесі роботи. Він має свій власний RC-генератор, що працює на частоті 1 Мгц. Робочий регістр таймера инкрементується (збільшує свій зміст) через задані проміжки часу. При переповнюванні таймера генерується сигнал скидання. Завдання розробника – періодично скидати сторожовий таймер, не допускаючи його переповнювання. Якщо відбувається зависання програми, або вона зациклюється по непередбаченому шляху, то відбувається скидання контролеру.
Для управління WATCHDOG-таймером служить регістр WDTCR.