Порядок оподаткування інвестиційних фондів у більшості країн передбачає звільнення від оподаткування податком прибутку таких фондів. Оподаткуванню підлягають лише доходи інвесторів у разі продажу ними акцій (або інших цінних паперів, емітованих фондами) за ціною, вищою ніж ціна придбання, а також отримані ними дивіденди. Нереалізований фінансовий результат від володіння цінними паперами, емітованими інвестиційними фондами, також може оподатковуватись як доход від приросту капіталу (такий порядок діє, зокрема у США). Тобто, застосовується так званий принцип прозорості: оподатковуються доходи лише кінцевого одержувача (принципала) так, нібито він самостійно вклав кошти в інвестиційний портфель, скориставшись послугами брокера. Принцип прозорості оподаткування інвестиційних фондів, згідно з яким усі доходи фонду є доходами його учасників і не оподатковуються у фонді діє у Німеччині.
Принцип прозорості оподаткування застосовується, якщо діяльність інвестиційної компанії відповідає вимогам законодавства. Ці вимоги орієнтовані на стимулювання довгострокових портфельних інвестицій. Наприклад, податковим кодексом США передбачено, що пільговий режим поширюється на інвестиційні компанії, доходи яких не менш ніж на 90% складаються з доходів від інвестицій у фінансові активи, не більше 30% від сукупних доходів складають доходи від продажу цінних паперів, якими інвестиційна компанія володіла менш ніж 3 місяці. Якщо інвестиційна компанія розподіляє не менш ніж 90% чистого прибутку між акціонерами, то такий фонд звільнено від оподаткування. Оподаткування інвестиційних фондів в Україні регламентується Законом України “Про оподаткування прибутку” та Декретом КМУ “Про прибутковий податок з громадян”. На даний час в Україні запроваджено розглянутий нами вище принцип прозорості.Не оподатковуються операції по залученню коштів інвесторів та доходи від здійснення операцій з активами інвестиційних фондів. Згідно з п. 4.2.8 Закону “Про оподаткування прибутку” встановлено, що кошти спільного інвестування інвестиційних фондів не включаються до валового доходу таких інвестиційних фондів, якщо жоден із засновників (учасників) та пов'язаних з ними осіб не володіє більш як 25 відсотками статутного фонду таких інвестиційних фондів і якщо такі інвестиційні фонди протягом 30 календарних днів після надання річного податкового звіту розподіляють між їх засновниками (учасниками) не менш як 90 відсотків сум річного доходу від інвестиційних операцій.