У кожній конкретній задачі набір початкових параметрів різний в залежності від того, в якому фазовому просторі розглядається система. Наприклад, в задачі про гармонічний осцилятор необхідно задати імпульс та координату в початковий момент часу (простір ).
При ініціалізації початкових умов задається точка у фазовому просторі, тобто набір координат та швидкостей для кожної частинки системи. Цей набір визначає енергії системи в цілому (набір координат – потенціальну, набір швидкостей – кінетичну). З одного боку, цей етап досить важливий, оскільки цей набір не повинен виходити за межі фазового простору. З іншого боку, можливо задавати досить умовне співвідношення кінетичної та потенціальної енергії, оскільки через певний час моделювання система сама прийде до певного рівноважного стану, потенціальна та кінетична енергії перерозподіляться. Єдиною умовою є, вибір таких початкових умов, які не дозволять молекулярно-динамічній схемі (чисельному алгоритму) „розійтися”. Крім того, можна змінити і потенціальну. І кінетичну енергії за допомогою процедури перенормування.
Наприклад, для ідеального кристалу, частинки якої в початковий момент часу знаходяться в рівноважних положеннях, розподілимо кінетичну енергію (швидкості) за Максвела відповідно до «стартової» температури , тобто проекції швидкостей мають розподіл
.
Потенціальна енергія системи для частинок у рівноважних положеннях буде мінімальною, а повна енергія системи дорівнюватиме стартовій кінетичній енергії атомів . За досить короткий час (с) відбувається релаксація з перерозподілом кінетичної та потенціальної енергії, в результаті чого встановлюється істинна середня температура (при невисоких температурах ). Тому рівноважну температуру в системі можна визначити лише після релаксації.