Основна проблема в тому, що значення початкових параметрів невідомі. Але вибір точних значень несуттєвий, оскільки система все одно з часом “забуде” свій початковий стан. Для “забування” та переходу у рівноважний стан необхідний певний час – час для релаксації або досягнення рівноважного стану. Рівновага вважається досягнутою, якщо система зрелаксувала до певних середніх значень потенціальної та кінетичної енергії.
Для спрощення ініціалізації можна задавати лише потенціальні (координати) або кінетичні (швидкості) складові фазового простору. Після релаксації енергія перерозподілиться.
У випадку, коли температура в процесі моделювання повинна залишатися рівною стартовій, необхідно застосувати нормування, у результаті якого в систему буде підкачуватися енергія до встановлення потрібної температури.
Лише після досягнення системою рівноважного стану можна досліджувати модель і знімати потрібно характеристики (після достатнього усереднення).
Методнайменших квадратів для апроксимації N експериментальних точок прямою .Для визначення коефіцієнтів і використаємо умову мінімальності суми квадратів відхилень ординати кожної точки від ординати точки з абсцисою , що належить прямій :