Нуклеотиди не лише входять до складу нуклеїнових кислот, а й можуть перебувати у вільному стані або бути складовими частинами ферментних систем.
Близько 80 % всієї РНК припадає на рибосомну РНК. Молекулярна маса від 35 тис. до 1,1 млн. Рибосомна РНК є структурною основою рибосом. У складі рибосом р-РНК знаходиться у комплексі з білками.
Т-РНК має акцепторне стебло (найдовшу спіралізовану структуру в молекулі РНК), до якого приєднується відповідна амінокислота. На протилежному кінці молекули т-РНК міститься антикодонова петля, яка містить триплет мононуклеотидів (антикодон), який є комплементарним кодону м-РНК.
Ділянки т-РНК, які не беруть участі у зв'язуванні амінокислоти і у виконанні кодуючої функції, використовуються для зв'язування т-РНК з рибосомою (ТYС-петля) і з специфічною аміноацил-т-РНК-синтетазою (D-петля). Модифіковані основи, які не беруть участі в утворенні водневих зв'язків, відіграють деяку роль у створенні необхідної конформації т-РНК.
3. Рибосомна РНК (р-РНК).
Всі три типи РНК синтезуються на матриці ДНК.
Вільні нуклеотиди.
Найбільш важливим серед вільних нуклеотидів є аденозинтрифосфорна кислота (АТФ). Вона виконує роль акумулятора енергії, бере участь в енергетичном обміні організму. Утворюється в результаті екзергонічних окислювально-відновлювальних процесів і складається із залишків аденіну, рибози та трьох залишків фосфорної кислоти: